قتل المهندس محمد ياقوت أثناء فض اعتصام ميدان رابعة العدوية أثر أصابته بطلق نارى ،كان محمد ياقوت قد نزل الى الميدان للمساعدة فى رفع المصابين و الجثث،كانت زوجته دائمة الأتصال به للاطمئنان عليه،و فى آخر أتصال بينهما فى حوالى الساعة الثانية ظهرا،طالبته بالرجوع فانفعل عليها فتراجعت و طالبته بتجديد نيته ،عندما عاودت الأتصال به مجددا رد عليها شخص آخر و أخبرها بمقتله .
توجهت أسرته الى مسجد الايمان فى اليوم التالى لاستلام جثته ،و لاقوا تعنتا من الجيش فى استخراج تصريح الدفن ،ليتوجهوا بعدها الى الأسكندرية ليتم دفنه بها .و تعهدت زوجته بشروعها فى اكمال ما بدأه زوجها و هو أولا مشروعٌ قومي لتعريب المصطلحات العلمية،و ثانيا إعداد دراسة عن الآريوسية الحديثة وإلمام المسلمين العرب بها.
وتقول زوجة الشهيد محمد ياقوت "زوجي كان من أزهد الناس في الدنيا؛ كان يبخل على نفسه وشخصه كثيرًا، لكنه كان ينفق إنفاقًا كبيرًا من دخله على العلم والدراسة لدرجة أن والديه كانا يخاطبناه ويناشدانه التفت لمستقبل أبنائك واهدأ قليلًا، لكنه كان كريمًا بي وبأبنائه"و تضيف "حين كان يعاتبني على تكالبي وحزني على بعض الأشياء الدنيوية " كان يقول لي : لتسئلن يومئذ عن النعيم”.
لوحة تكريمية للشهيد المهندس محمد ياقوت على موقع ديدبورد :
